Руководители - Ларичев Анатолий Юрьевич - к.т.н., СПбУ ГПС МЧС России; Бузинов Александр Сергеевич - к.т.н.
С первого года работы Академии основное внимание руководства одного из крупнейших её подразделений - секции «Чрезвычайные ситуации» (руководитель Ларичев А.Ю.), наряду с проблемами экологической безопасности, уделялось вопросам обеспечения природной и техногенной безопасности и защите от чрезвычайных ситуаций (ЧС) территорий и населения промышленных регионов России. Руководство МАНЭБ установило и постоянно укрепляло научно-технические и организационные связи с федеральными и региональными структурами МЧС России.
По заданию ГУ ГО и ЧС Санкт-Петербурга и Ленинградской обл. во исполнение совместного решения коллегии МЧС России Правительств Санкт-Петербурга и Ленинградской обл. от 16 марта 1997 г. в МАНЭБ была разработана региональная целевая программа "Безопасность С.-Петербурга и Ленинградской обл.".
По поручениям Северо-Западного округа Госгортехнадзора РФ и ГУ ГО и ЧС по Санкт-Петербургу и Ленинградской обл. специалисты МАНЭБ провели ряд общественных экологических экспертиз и экспертиз достаточности мер защиты при разработке проектной документации на строительство части портов и нефтяных терминалов на территории С.-Петербурга и Ленинградской обл. Специалистами МАНЭБ были проведены экспертизы причин промышленных аварий на АО "Ижорские заводы" и АО "Электросила" с разработкой мероприятий по предотвращению подобных аварий и разработкой эффективных мер защиты. Президент МАНЭБ, профессор Рогалёв В. А. и вице-президент, профессор Потехин Г. С. были включены в 1997 г. в состав делегации СЗРЦ МЧС России для участия в работе Международной школы-семинара стран Балтийского моря, проводившейся в Швеции. Специалисты МАНЭБ активно участвовали, совместно с СЗРЦ МЧС России, в подготовке и проведении двух региональных конференций по безопасности и защите населения Северо-Западного региона, проводившихся в СЗРЦ, а также организовывали научно-практические конференции в рамках проводившихся МЧС России в Санкт-Петербурге международных форумов-выставок "Экстрим-2001" и "Экстрим-2003".
При реализации программы форума "Экстрим-2003" специалистами МАНЭБ был проведён научно-практический семинар для руководящих работников территориальных органов государственной власти и органов местного самоуправления СЗФО, к которому в МАНЭБ был издан специальный сборник материалов, где были показаны основные причины низкой эффективности работ но предупреждению ЧС природного и техногенного характера и пути их устранения, предложены принципы анализа и учёта факторов геодинамической опасности при создании новых крупных транспортно-технологических систем на территории СЗФО и изложены основы широко используемой в Западной Европе концепции культуры безопасности при создании и эксплуатации особо опасных объектов техносферы.
В 2001 г. при полномочном представителе Президента РФ в Северо-Западном федеральном округе был создан координационный совет по предупреждению ЧС природного и техногенного характера. В члены этого совета был включён вице-президент МАНЭБ, профессор Потехин Г. С.
В течение 1998-2003 г.г. специалисты МАНЭБ провели ряд работ по договорам с крупными предприятиями Санкт-Петербурга и Ленинградской обл. (ГУЛ "Водоканал С.-Петербурга", Строймонтаж, Всеволожский завод алюминиевых изделий и др.), в которых проанализировали перспективы безопасного развития ряда отраслей техносферы с учётом прогноза уровней опасности и риска для населения и территорий С.-Петербурга и Ленинградской обл.
Для обеспечения населения Санкт-Петербурга питьевой водой до 2010-2012 годов была предложена и обоснована необходимость создания водовода из Ладожского озера для питьевого водоснабжения города. В настоящее время это предложение положительно рассмотрено Правительством города, и уже разработаны первые оценочные предпроектные материалы.
С 2005 г. в администрациях субъектов РФ созданы новые структуры (комитеты, управления) по делам ГО и ЧС. МАНЭБ устанавливает контакты с этими подразделениями. В частности, не без активного влияния членов МАНЭБ, членов Законодательного собрания С.-Петербурга, с 2004 г. в Правительстве города появилась должность вице-губернатора по безопасности.
После заседания Президиума МАНЭБ с участием губернатора Ленинградской обл. Сердюкова В.П. и встречи руководства ВНИМИ и МАНЭБ с руководителем Комитета по природным ресурсам и экологической безопасности
Администрации Ленинградской обл. академиком МАНЭБ Дедовым М.А. был заключён договор, по которому к концу 2005 г. была разработана карта геодинамически опасных зон на территории Ленинградской обл.