В состав Академии входят российские региональные и зарубежные отделения и филиалы.
Российские региональные отделения и филиалы:
Дальневосточное отделение (г.Магадан) - руководитель Тихменев Евгений Александрович
- к.б.н., доцент, старший научный сотрудник, академик МАНЭБ
Иркутское отделение - руководитель Лемешевская Елизавета Петровна - к.м.н., доцент, академик МАНЭБ.
Курское отделение - руководитель Кореневский Николай Алексеевич - д.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Севастопольское отделение - руководитель Акимов Александр Михайлович
- д.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Московское отделение - руководитель Вержанский Александр Петрович
- горный инженер, д.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Липецкий региональный филиал - руководитель Воропаева Надежда Леонидовна (газета-"Сельская Нива".pdf)
- д.х.н., профессор, академик МАНЭБ.
Старооскольский филиал МО - руководитель Меркер Эдуард Эдгарович - к.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Новосибирское отделение - руководитель Юсупов Талгат Сунгатуллович - д.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Оренбургское отделение - руководитель Панкратьев Пётр Владимирович - д.г-м.н., академик МАНЭБ.
Омское отделение - руководитель Шулькин Леонид Львович
- к.м.н., академик МАНЭБ, подполковник экологической безопасности.
Свердловское областное отделение - руководитель Семячков Александр Иванович
- д.г-м.н., профессор, академик МАНЭБ.
Центрально-Чернозёмный филиал МАНЭБ - руководитель Кульнев Вадим Вячеславович
- к.геогр.н., член-корреспондент МАНЭБ, подполковник экологической безопасности.
Северо-Кавказское отделение - руководитель Тарасов Сергей Павлович
- к.т.н., ст.научный сотрудник, академик МАНЭБ.
Владимирское отделение - руководитель Крицкий Геннадий Дмитриевич - академик МАНЭБ.
Калужское отделение - руководитель Садковская Наталья Евгеньевна - д.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Самарское отделение - руководитель Руслан Кутузов
Краснодарское отделение - руководитель Литвин Виталий Витальевич
- к.т.н., профессор, академик МАНЭБ.
Филиал в г.Сочи - руководитель Янкевич Артур Константинович - академик МАНЭБ.
Отделение в Республике Коми - руководитель Мамонтов Иван Григорьевич - академик МАНЭБ.
Нижегородский филиал - руководитель Демидюк Виктор Александрович - к.ю.н., доцент, академик МАНЭБ.
Пушкинский филиал Лен. обл. - руководитель Филиппов Эдуард Михайлович
- д.и.н., профессор, генерал-майор, академик МАНЭБ.
Сосновоборский филиал Лен. обл. - руководитель Кондратьев Владимир Григорьевич - к.т.н., доцент, академик МАНЭБ.
Зарубежные отделения и филиалы:
Абхазское - руководитель Марколия Анатолий Иванович
Болгарское - руководитель Бозов Христо Стоянов - академик МАНЭБ.
Вьетнамское - руководитель Нгуен Чан Зыонг - академик МАНЭБ.
Израильское отделение - руководитель Шапиро Семён Михайлович - академик МАНЭБ.
Алматинский филиал - руководитель Федоров Герман Васильевич - академик МАНЭБ.
